Au contact des pygmées, les bantous découvriront que ce peuple premier d'Afrique pratique le culte des esprits-animaux et est constituée de « médiateurs du sacré » qui changent selon les rites. Au cours de l’initiation, une connaissance particulière s’acquiert sur la maîtrise de la forêt et des éléments météorologiques (pluie, foudre…) et rentre dans le cadre d’une conception chamanique du fonctionnement du monde où l’initié sait entrer en contact avec les esprits de la Nature pour agir sur les phénomènes. Cette initiation repose principalement , lors d'un rite majeur de passage à l'âge adulte favorisant notamment l'intégration sociale, sur la manducation de la plante la plus sacrée à leurs yeux : l'iboga.

L’utilisation de la racine d’iboga est connue des Pygmées depuis des temps immémoriaux. L’archéologue Richard Oslisly a récemment confirmé en avoir retrouvé la trace par anthracologie dans des charbons de bois de plus de deux mille ans dans un grotte du sud du Gabon (La Lopé). Pourtant les Pygmées semblent n’avoir ouvert leur connaissance du « Bois Sacré » aux groupes bantous les plus proches qu’au milieu du XIXe siècle. Les premiers auraient été les Apinji (littéralement la forêt) et plus précisément le clan des Apinji Mokodo. Le mythe veut que les Apinji aient cherché à entrer en contact avec le royaume des morts.

Pour ce faire, ils auraient absorbé des quantités plus importantes de Bois, et auraient conséquemment créé les premières formes rituelles du culte Bwiti afin de se protéger des risques accrus.

La racine étymologique du mot Bwiti, selon M. Okaba, linguiste originaire des Monts du Chaillu, serait une déformation du mot tsogho bo-hete : « émancipation », « libération d’un fluide» - (Buetara : « puiser » et buera : « parvenir, aboutir.. »).

Le Bwiti serait donc littéralement ce qui permet à l’homme de gagner sa liberté.

« Le Bwiti est donc une philosophie de la libération ; il permet à l’homme d’échapper à la matière, de devenir un banzi, littéralement “celui qui a éclot, qui est sorti de sa coque” en langue tsogho. Et cette philosophie est fondée sur eboghe, “ce qui soigne” (l’iboga), maganga “ce qui permet à l’être de se renouveler”, et kangara, “réchauffer, régénérer” (la connaissance des plantes).»

- Paroles de M. Hamidou Okaba.

L'arrivée des premiers européens au Gabon au XVème siècle (portugais suivis des hollandais) sonna les débuts de l'abandon des traditions initiatiques indigènes ancestrales du fait de l'évangélisation forcée des peuples gabonais ainsi que des conséquences multiples de la traite négrière. La pratique du Bwiti est alors entrée en relative clandestinité...

La France occupe le Gabon progressivement à partir du milieu du XIXe siècle, après un traité signé avec le « roi Denis », en 1839. En 1886, le Gabon devient une colonie française et n'accédera à l'indépendance qu'en 1960.

L'iboga a été référencé pour la première fois en Occident par un explorateur naturaliste britannique, Thomas Edward Bowlich, qui mentionne dans sa description du Gabon en 1819 l'existence de cette plante utilisée par les autochtones afin d'effectuer de longues marches et de rester éveillés la nuit.

Depuis lors, la science occidentale à commencer par la recherche française, ne cessera de découvrir les multiples potentiels thérapeutiques de l'iboga et commencera à commercialiser son principal dérivé chimique, l'ibogaïne, auprès du grand public français dès 1901 (dragées nyrdahl).

C'est en 1962 qu'un chercheur américain, Howard Lotsof, découvre sur lui-même les propriétés anti-addictives aux opiacés (héroïne, cocaïne, crack, méthadone...) de l'ibogaïne et entame une série de recherches le conduisant à déposer plusieurs brevets quant à son utilisation clinique. Il deviendra un grand promoteur international de l'ibogaïne ce qui, combiné à l'avènement des nouveaux médias notamment d'internet, déclencha un engouement mondial croissant pour l'iboga. L'ibogaïne extraite de l'iboga, principalement exportée du Gabon, fit son entrée sur le marché noir américain dès la fin des années 1960.

Au vu de cet intérêt international grandissant et des potentielles dérives quant à la durabilité de la ressource mais aussi relatives au non encadrement légal de son exploitation, le défunt président de la république gabonaise El Hadj Omar Bongo Ondimba déclara l'iboga « Patrimoine Culturel National » et « Réserve Stratégique » en juillet 2000.

Puis en novembre 2011 le Gabon devient le premier pays au monde à ratifier le Protocole de Nagoya sur l'accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation relative à la Convention sur la diversité biologique.

Malgré ces engagements, il existe dans le monde à ce jour plus de 200 centres de soins (officiels et informels) utilisant l'iboga(ïne) ainsi que plusieurs dizaines de sites internet revendant la précieuse ressource, essentiellement de provenance gabonaise, à prix d'or mais sans aucune retombée économique significative pour le Gabon ni réflexion sur sa durabilité.